Past Meetup

RBioMeSs - R and Bio-informatics/Medical statistics

This Meetup is past

147 people went

Location image of event venue

Details

[UPDATE] Z uwagi na liczbę zarejestrowanych osób, przenosimy się do sali 107 (I piętro). Odpowiednie wskazówki pojawią się w budynku.

Bioinformatyka i statystyka medyczna to źródła bardzo interesujących zastosowań R i algorytmów analizy danych. Zarówno tych małych jaki tych bardzo bardzo dużych danych (np. całe TCGA to 2.5 PB danych).

Stąd pomysł by w listopadzie spotkać się i posłuchać o tym co ciekawego można robić w tym obszarze w Polsce.

Będziemy mieli jednego prelegenta z biznesu i jednego z akademii.

Jeżeli spotkanie się powiedzie to są plany by powtarzać je np. co kwartał lub co pół roku, może też w innych miastach. Ciekawe rzeczy dzieją się i w Krakowie i Wrocławiu i Gliwicach i pewnie wielu innych miejscach.

Zaczynamy klasycznie o 18 w sali 328 na MiNI PW.

Pierwszym prelegentem będzie Dariusz Ratman z Roche. Tytuł jego prezentacji to:

Automating gene expression analysis and visualisation with R/Bioconductor: bringing genomics results to scientists

Abstract:

Rapid development of high-throughput technologies revolutionised the way we do biological research. Widespread use of new generation sequencing removed data acquisition bottleneck and allows for easy generation of vast amounts of complex data, which poses new challenges for today's researchers.

R language, together with Bioconductor provides a rich ecosystem of data structures and algorithms, which address many of the biological data analysis problems but effective use of these tools requires skills, which go beyond typical researcher abilities.

In my talk I will discuss how we're using R language as a core of the web-based framework to automate gene expression analysis and provide Roche/Genentech's scientists with the tools to analyse and understand their data.

Drugą prezentację poprowadzą Alicja Szabelska-Beręsewicz, i Joanna Zyprych-Walczak.

Temat:

Dyskusja biologa ze statystykiem w towarzystwie R - czyli jak znaleźć przydatne informacje w bezmiarze danych biologicznych.

Podczas referatu opowiemy o tym, do czego wykorzystujemy R w obszarze naszych zainteresowań związanych z bioinformatyką i biostatystyką dotyczących
sekwencjonowania nowej generacji. Przedstawimy przykładowe analizy danych RNA-seq zaczynając od zliczania countów na analizie ekspresji genów kończąc. Czy da się znaleźć wspólny język biologa ze statystykiem? Czy ogrom danych genomicznych można zaprezentować w jakiś obrazowy i przejrzysty sposób? Co da się ‘wyciągnąć’ z tych Wielkich Danych i jakim to ‘Coś’ poddać analizom i interpretacji? Podczas tego referatu
postaramy się odpowiedzieć na te pytania.

I BIO prelegentek:

Jasteśmy biostatystykami pracującymi w Zakładzie Bioinformatyki na Uniwersytecie Przyrodniczym w Poznaniu. Jesteśmy zainteresowane szukaniem matematycznych rozwiazań do biologicznych problemów, w szczególności do problemów związanych z technologią mikromacierzy i głębokiego sekwencjonowania. W naszej codziennej pracy wykorzystujemy R jako podstawowe narzędzie pracy z danymi genetycznymi. Współpracujemy w ramach interdyscyplinarnych projektów z ośrodkami w Polsce: Polską Akademią Nauk w Poznaniu, Politechniką Poznańską, Wojskowym Instytutem Medycznym w Warszawie oraz za granicą: ETH w Zurichu, Uniwersytetem BOKU w Wiedniu. W tym roku byłyśmy współorganizatorami eRum-a (Europejskiego Spotkania Użytkowników R). Dodatkowo organizujemy comiesięczne spotkania entuzjastów R w ramach Pazura (Poznańskie Zloty Użytkowników R) promując R gdzie tylko się da.

Sponsorem naszego listopadowego spotkania jest firma Ardigen.