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Automatic Reporting with rmarkdown

  • 5 de mar de 2015 · 19:00

A la pròxima reunió es mostrarà com crear reports automàtics directament amb R utilitzant les potents llibreries rmarkdown i knitr.


Aquestes dues llibreries permeten combinar de forma fàcil els resultats de l'R amb un informe final, ja sigui en format word, pdf, html, presentació, etc. Treballant amb rmarkdown i knitr és simplifica enormement el procés de crear un report. S'evita copiar i pegar les sortides d'R a un altre document, es minimitzen els errors i permet aprofitar l'informe per dades diferents. Si les dades inicials varien perquè faltaven registres o no estaven bé, no cal refer l'informe o les gràfiques, només adaptar les conclusions en el cas que canviïn.


Tot i que la reunió pot estar subjecte a lleugeres modificacions està plantejada de la següent forma:


El Carlos Bort farà una introducció a la llibreria knitr on mostrarà tota la flexibilitat que es pot aconseguir de les sortides d'R.


El Lluís Ramon mostrarà la funcionalitat bàsica de l'rmarkdown per crear pdf, word, presentacions, així com generar plantilles per simplificar reports habituals.


Per donar una ullada a les dues llibreries les dues pàgines web de referència són:

• http://yihui.name/knitr/

• http://rmarkdown.rstudio.com/


UPDATE[25/2/15]:

Definint la sessió de dijous 5 de març, hem considerat pertinent que porteu el vostre ordenador. Realitzarem una part aplicada durant la xerrada. Si no podeu portar-ne, ja us ajuntarem amb altres R-users que sí que en portin.

Com la wifi d'itnig potser no dóna servei a tothom de forma ràpida i hi ha programes que ocupen i triguen una mica a instal·lar-se, caldrà que porteu instal·lats el següent:

Versions de R i RStudio actualitzades:

• R (>= 3.0) 

•  RStudio (>=[masked]) 

Els següents packages d'R:

• knitr 1.8

• rmarkdown (>= 0.4.2)

Una distribució de TeX per generar reports en pdf.


Per la distribució de TeX, personalment faig servir la distribució TeX Live (a Windows i Red Hat) perquè ho porta TOT instal·lat i després tot funciona sense problemes. El principal inconvenient és que ocupa molt (2-3GB) i triga a instal·lar-se. També hi ha la distribució MiKTeX 

Per als usuaris de MAC jo tinc la distribució de MacTeX que com TeX Live ocupa molt però després tot va perfecte. 


Si teniu algun dubte, poseu-vos en contacte amb mi i us ajudaré.

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  • Carlos F.

    Muy bien el evento, me pareció muy útil rmarkdown.

    He publicado en Dataprix un post sobre el evento. No digo mucha cosa, pero seguro que algo ayuda a la difusión del grupo:
    http://www.dataprix.com/blog-it/tendencias-tecnologicas/software-libre/aprendiendo-crear-informes-automaticos-r-rmarkdown-kinitr

    Si alguien quiere añadir alguna cosa, o publicar en Dataprix algo interesante sobre R o Data Science, que me lo diga, se agradece cualquier aportación :)

    Saludos,

    2 · 10 de marzo de 2015

    • Aleix Ruiz De V.

      Carlos, muchas gracias por el post!

      11 de marzo de 2015

    • Carlos F.

      De nada, la verdad es que el tema de R y Data Science me interesa especialmente. Lástima que no tenga más tiempo para meterme más a fondo..

      11 de marzo de 2015

  • Roc A.

    Charla muy interesante y exposición muy muy divertida!!!
    Enhorabuena a los ponentes y organizadores.

    Y muy interesantes también los comentarios en la charla y los de por aquí.

    gracias

    2 · 7 de marzo de 2015

    • Carlos B.

      Gracias Roc! Viniendo de ti la gratitud es doble!

      10 de marzo de 2015

  • Lluís R.

    Buenas noches, Tal y como prometimos aquí tenéis la presentación:
    http://lluisramon.github.io/rmarkdown-talk/Presentacio#(1)

    En el siguiente repositorio de github podéis ver el código que usamos para generar la presentación
    https://github.com/LluisRamon/rmarkdown-talk

    Si tenéis alguna duda o algún problema estaremos encantados de ayudar.

    9 de marzo de 2015

  • Luca C.

    Hola, durante el meetup se ha hablado de otros paquetes (e.g htmlwidget, rChart, sampa-no-me-acuerdo). Sabéis de otros que se pueden mirar para hacer gráficos mas bonitos, y que ayuden el desarrollo de reportes?

    3 · 6 de marzo de 2015

  • Joaquin Bravo M.

    Otra opción interesante para generar PDF a partir del HTML es http://wkhtmltopdf.org/. Generamos HTML a partir de Markdown y luego con esta herramienta lo convertimos a PDF.

    Es una herramienta muy configurable, puedes crear índices, pies de páginas y cabeceras, portadas, etc... Me parece más ágil y fácil de utilizar que el TeX y sus numerosas opciones de configuración lo hacen valido para la mayor parte de nuestras necesidades.

    Actualmente, a partir de la documentación en Markdown genero 2 htmls.

    -Uno para publicarlo en la web.
    -Otro pensado para generar el PDF con la herramienta anterior.

    Un saludo.

    1 · 4 de marzo de 2015

    • Agustin L.

      Nos podrías poner un ejemplo con sus dos scripts markdown? Me interesa ver qué truquillos inluyes para que quede bien el paso de html a pdf.

      1 · 6 de marzo de 2015

    • Lluís R.

      Hola Agus, desde RStudio también se puede generar, aunque no había tiempo para todo. En la página web del proyecto, http://rmarkdown.rstu...­ en la página principal en la sección de Output options lo explican. Aunque tendrás que usar la función render de rmarkdown que tampoco pude explicar.

      6 de marzo de 2015

  • Lluís R.

    Gracias por venir y nos alegramos de que os gustara. Quiero corregir algún problema con la imágenes y algún detalle más. Colgaré la presentación pronto.

    1 · 6 de marzo de 2015

  • Maria Jose Pelaez M.

    Gracias a los ponentes de la sesión de ayer...además de aprender me divertí, qué mñas se puede pedir? Hasta la próxima!

    2 · 6 de marzo de 2015

    • Carlos B.

      Solo le faltaba pica pica hahaha

      1 · 6 de marzo de 2015

  • Agustin L.

    Fue super útil y divertido. Poned pronto la presentación para que podamos trastear!

    2 · 6 de marzo de 2015

  • Jose L.

    Gràcies per la sessió!!, va ser molt instructiva.

    2 · 6 de marzo de 2015

  • Luca C.

    Muchas gracias para la charla!

    2 · 6 de marzo de 2015

  • Agustin L.

    Per Mac, cal MacTeX + TeX Live o una de les dues i recomanes MacTex?

    2 de marzo de 2015

    • Quinn Miga de S.

      Debería bastar TeXLive + cualquier editor LaTeX.

      2 de marzo de 2015

    • Lluís R.

      Hola Agus, El TeXLive esta incluido en los diferentes packages de MacTeX.

      Como comenta Quinn con una de las dos funcionaria, aunque para Mac creo que es mas fácil instalar directamente MacTex.

      4 de marzo de 2015

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