Vizuelizacija visoko-dimenzionih genomskih podataka uz pomoć t-SNE

Predavanje će se baviti problemom vizualizacije visoko-dimenzionih podataka o relativnoj zastupljenosti transkripata gena iz više hiljada ćelija. Akcenat predavanja će biti na t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) metodi i njenoj upotrebi korišćenjem programskog jezika R.

t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) je relativno nova tehnika mašinskog učenja za redukciju dimenzionalnosti podataka, koja svoju primenu nalazi i u bioinformatici. U R okruženju t-SNE je zastupljen sa par implementacija a sama tehnika je centralna i nekim R/Bioconductor paketima.

Tehnološki napredak u oblasti sekvenciranja ljudskog genoma omogućava nam da kvantifikujemo mnoge ćelijske procese brzo, jeftino i sa velikom preciznošću. Na primeru procesa transkripcije postiže se rezolucija do nivoa pojedinog gena (~ 20.000) svake pojedinačne ćelije u nekoj studiji. Izazov tumačenja ovako dobijenih i izvedenih podataka se u nekim slučajevima uspešno može rešiti t-SNE pristupom.

O predavaču: Dušan Ranđelović je R developer, Python korisnik i nekadašnji fan Ruby-ja. Radio web, mobile i neke IoT projekte: kao preduzetnik, developer i IT arhitekta. Astrofizičar koji je postao bioinformatičar. Trenutno vodi jedan od bioinformatičkih timova u kompaniji Seven Bridges: uči i istražuje biološke podatke.