Automatic Reporting with rmarkdown

A la pròxima reunió es mostrarà com crear reports automàtics directament amb R utilitzant les potents llibreries rmarkdown i knitr.

Aquestes dues llibreries permeten combinar de forma fàcil els resultats de l'R amb un informe final, ja sigui en format word, pdf, html, presentació, etc. Treballant amb rmarkdown i knitr és simplifica enormement el procés de crear un report. S'evita copiar i pegar les sortides d'R a un altre document, es minimitzen els errors i permet aprofitar l'informe per dades diferents. Si les dades inicials varien perquè faltaven registres o no estaven bé, no cal refer l'informe o les gràfiques, només adaptar les conclusions en el cas que canviïn.

Tot i que la reunió pot estar subjecte a lleugeres modificacions està plantejada de la següent forma:

El Carlos Bort (https://es.linkedin.com/in/carlosbort)farà una introducció a la llibreria knitr on mostrarà tota la flexibilitat que es pot aconseguir de les sortides d'R.

El Lluís Ramon (https://es.linkedin.com/in/lluisramon) mostrarà la funcionalitat bàsica de l'rmarkdown per crear pdf, word, presentacions, així com generar plantilles per simplificar reports habituals.

Per donar una ullada a les dues llibreries les dues pàgines web de referència són:

• http://yihui.name/knitr/

• http://rmarkdown.rstudio.com/

UPDATE[25/2/15]:

Definint la sessió de dijous 5 de març, hem considerat pertinent que porteu el vostre ordenador. Realitzarem una part aplicada durant la xerrada. Si no podeu portar-ne, ja us ajuntarem amb altres R-users que sí que en portin.

Com la wifi d'itnig potser no dóna servei a tothom de forma ràpida i hi ha programes que ocupen i triguen una mica a instal·lar-se, caldrà que porteu instal·lats el següent:

Versions de R i RStudio actualitzades:

• R (http://cran.r-project.org/) (>= 3.0)

• RStudio (http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/) (>=0.98.1091)

Els següents packages d'R:

• knitr 1.8

• rmarkdown (>= 0.4.2)

Una distribució de TeX per generar reports en pdf.

Per la distribució de TeX, personalment faig servir la distribució TeX Live (https://www.tug.org/texlive/acquire-netinstall.html) (a Windows i Red Hat) perquè ho porta TOT instal·lat i després tot funciona sense problemes. El principal inconvenient és que ocupa molt (2-3GB) i triga a instal·lar-se. També hi ha la distribució MiKTeX (http://miktex.org/)

Per als usuaris de MAC jo tinc la distribució de MacTeX (http://www.tug.org/mactex/)que com TeX Live ocupa molt però després tot va perfecte.

Si teniu algun dubte, poseu-vos en contacte amb mi i us ajudaré.