Primena R-a u analizi mikrobiote

BelgradeR meetup se vraća nakon duže pauze. Tema novog druženja biće transformacija informacije zakopane u otpadu ljudskog metabolizma u znanje i, potencijalno, žive lekove (live drugs), uz pomoć programskog jezika i različitih Bioconductor biblioteka.

Na predavanju će biti reči o tome kako analizom ekoloških parametara možemo da zaključimo zašto se bakterije iz debelog creva ne ponašaju kao idealno vaspitani "cimeri" ponekad. Načećemo specifičnosti statističkog testiranja u svetlu činjenice da su bakterije povezane u rodoslovna stabla. Biće prikazani neki stvarno cool plotovi i ilustrovana upotreba paketa kao što su “philr”, “phyloseq”, “ape” i drugi koji se koriste u analizi mikrobiote.

Dotaći ćemo se i izazova koji postoje pri primeni “(ontology) term enrichment” analize na dešifrovanje toga šta nam demografske promene u bakterijskom društvu govore o našem zdravlju i sreći.

O predavaču: Svetlana Bojić je završila Matematičku gimnaziju i Medicinski fakultet Univerziteta u Beogradu. Neko vreme je radila na Katedri za statistiku i informatiku Medicinskog fakulteta. Od 2015. godine je deo kompanije HITtest, startupa koji se bavi analizom mikrobiote.