Bulutta Docker ile Yeni Nesil Dizi Analizi

Yeni nesil dizi analizi, verilerin büyük olmasından, genom eşleme yazılımlarının yüksek RAM ve
birden çok çekirdek gerektirmelerinden dolayı standart masa üstü bilgisayarlarda veya laptoplarda yapılması pek pratik değildir. AWS veya Google Cloud gibi bulut bilişim platformları yüksek RAM ve çok çekirdeğe sahip donanımlardan onlarca hatta yüzlerce kiralanmasına imkan verip kısa süre içinde çok büyük verilerin işlenmesine olanak sağlamaktadır. Docker sayesinde ise bulut bilişim ortamlarında yazılım kurulumu ve ayarlarının yapılması, birden çok oturumun orkestra edilmesi kolaylaşmaktadır.
Bu konuşmada, Docker ve AWS hakkında bilgi verildikten sonra AWS üzerinde Docker ile yeni nesil dizilerinin işlenmesine dair demo yapılacaktır.

Yrd. Doç.Dr. Alper YILMAZ
2000 yılında Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden mezun olup aynı yıl The Ohio State University’de doktora yapmaya başlamıştır. HIV virüsü translasyonu konulu doktorasını 2007 yılında tamamlayıp aynı üniversitede yeni nesil dizileme analizi ve genomda kelimeler konularında doktora sonrası çalışma yapmaya başlamıştır. 2012 yılında Yıldız Teknik Üniversitesi’nde öğretim üyesi olarak çalışmaya başlamış, aynı konularda çalışmalarına devam etmektedir.