MonBUG - April/Avril

Rejoignez-nous le 16 avril à 17h pour notre rencontre et découvrez comment exploiter les unités de traitement graphique (GPUs) pour l’apprentissage profond appliqué aux données biologiques.

Notre présentation, « Modélisation de structures mutantes à l’aide de méthodes intégrées basées sur la physique et l’apprentissage profond », sera donnée par Tandac Furkan Guclu, chercheur postdoctoral à l'Université Sabanci, en Turquie.

Les recherches du Dr Guclu portent sur l’utilisation de l’apprentissage profond pour la prédiction rapide de structures protéiques et la compréhension des effets des mutations. Cette présentation mettra en lumière la façon dont AlphaFold2, utilisant divers alignements multiples de séquences (MSAs), peut prédire plusieurs conformations protéiques et révéler des changements structuraux subtils. De plus, la méthode MuMi combine l’introduction systématique de mutations avec une minimisation de l’énergie afin de générer rapidement des conformations qui reproduisent les principales interactions de liaison observées lors de simulations de dynamique moléculaire (MD), permettant ainsi une prédiction précise du paysage d’aptitude des protéines.

La présentation inclura une démonstration pratique montrant comment configurer les MSAs, exécuter AlphaFold2 et évaluer les effets des mutations.

Veuillez noter que cet événement se tiendra en ligne.

Lien pour la réunion : https://meet.jit.si/monbugapril2025

Vous pouvez également nous rejoindre sur YouTube !

Lien YouTube live : https://youtube.com/live/5njyADGSmIA?feature=share

PS : Si vous souhaitez présenter lors d'un événement futur, contactez-nous via Meetup ou par email à info[AT]monbug.ca

***

**********************************************************************

English Version:

Join us on April 16th at 5:00 PM for our meetup and discover how to leverage Graphics Processing Units (GPUs) for deep learning with biological data.

Our presentation, “Modeling Mutant Structures with Integrated Physics-Based and Deep Learning Methods,” will be given by Tandac Furkan Guclu, a postdoctoral researcher at Sabanci University, Türkiye.

Dr. Guclu’s research focuses on harnessing deep learning for rapid protein structure prediction and understanding the impacts of mutations. The talk will highlight how AlphaFold2, using diverse multiple sequence alignments (MSAs), can predict multiple protein conformations and reveal subtle structural changes. Additionally, the MuMi method combines systematic mutation introduction with energy minimization to rapidly generate conformations that recapitulate the dominant binding interactions observed in molecular dynamics (MD) simulations, enabling accurate prediction of protein fitness landscapes.
The presentation will include a hands-on demonstration showing how to set up MSAs, run AlphaFold2, and assess mutational effects.

Please note that this event will be held online.

Link for the meeting: https://meet.jit.si/monbugapril2025

You can also join with YouTube!

YouTube live link: https://youtube.com/live/5njyADGSmIA?feature=share

P.S. If you're interested in presenting at a future event, feel free to contact us via Meetup or by email at **info[AT]monbug.ca**.